Quality report of the IPBES IAS bibliography

Bibplography

Bibliography Setup

The bibliography is loaded and the DOIs, ISBNs and ISSNs are extracted.

Introduction

This report assesses the following in regards to the provided bibliography named bibliography:

Remarks: - Group ID is in the json, but not in the csv. The group ID makes it possible to directly jump to the reference in the Zotero Library online.

Data Quality of the Bibliography

Cleanliness of bibliography

One measure of the cleanliness of a Bibliography is assessed by checking the number of references that have a DOI. The following table gives an overview over some numbers regarding the DOIs, ISBNs and ISSNs in the bibliography.

Entries with DOIs, ISBNs or ISSNs

To identify a reference, the most widely used identifier is the DOI. The following table shows the number of references with a DOI and the number of unique DOIs.

To consider duplicate ISBNs or ISSNs as duplicates entries in the library is not waranted as e.g. differenc chapters of a book can be separate entries in the library and therefore lead toi duplicates.

  • DOIs: 3935 (65.4742097%) - 679 duplicates
  • ISBNss: 533 (8.8685524%) - 250 duplicates
  • ISBNss: 3847 (64.0099834%) - 2909 duplicates

The following DOIs are duplicates in the bibliography. This table should be empty.

Show the code 
#|
if (sum(duplicated(bibliography$dois)) > 0) {
    data <- data.frame(
        Type = "doi",
        Identifier = sprintf('<a href="https://doi.org/%s" target="_blank">%s</a>', bibliography$dois[duplicated(bibliography$dois)], bibliography$dois[duplicated(bibliography$dois)])
    )
} else {
    data <- data.frame(
        Type = "doi",
        Identifier = NA
    )
}

data |>
    knitr::kable(
        caption = "Duplicate DOIs in the Bibliography",
        escape = FALSE
    )
Duplicate DOIs in the Bibliography
Type Identifier
doi 10.1016/j.gloenvcha.2015.06.007
doi 10.1038/nature09492
doi 10.1016/j.aquabot.2008.03.010
doi 10.1007/s11258-010-9727-8
doi 10.1007/s10113-010-0200-y
doi 10.2307/2663960
doi 10.1111/j.1461-0248.2008.01255.x
doi 10.1111/j.1365-2486.2007.01470.x
doi 10.1111/j.1442-9993.2008.01887.x
doi 10.1111/j.1365-2745.2008.01361.x
doi 10.1038/nclimate2563://www.nature.com/nclimate/journal/v5/n5/abs/nclimate2563.html#supplementary-information
doi 10.1093/biosci/biu195
doi 10.1002/2015JG003131
doi 10.1007/s10584-007-9362-0
doi 10.1890/0012-9658(2006)87
doi 10.1016/j.scitotenv.2016.04.200
doi 10.2136/sssaj1989.03615995005300030029x
doi 10.1046/j.1526-100X.2000.80048.x
doi 10.1007/s10531-004-1461-x
doi 10.1080/00222930903477768
doi 10.1016/S1469-3062(03)00052-4
doi 10.1016/j.jglr.2013.06.002
doi 10.1111/1365-2664.12559
doi 10.1073/pnas.1011217108
doi 10.1073/pnas.1222463110
doi 10.1016/j.biocon.2012.09.020
doi 10.1111/j.1365-2486.2010.02389.x
doi 10.1016/j.sbspro.2012.07.017
doi 10.1111/gcb.13298
doi 10.1073/pnas.1222463110
doi 10.1073/pnas.0812419106
doi 10.1111/j.1523-1739.2008.00939.x
doi 10.1146/annurev.energy.28.050302.105532
doi 10.1002/2013JG002419
doi 10.1016/j.biocon.2010.05.001
doi 10.1111/jvs.12264
doi 10.1007/s13398-014-0173-7.2
doi 10.1590/s1676-06032003000200005
doi 10.1371/journal.pone.0119952
doi Res. Pap. PSW-RP-266
doi 10.1016/S1642-3593(07)70180-5
doi 10.1641/0006-3568(2000)050[0807:reohao]2.0.co;2
doi 10.1046/j.1526-100X.2000.80048.x
doi 10.1111/j.1461-0248.2009.01355.x
doi 10.1029/2005GB002672
doi 10.1016/j.biocon.2012.08.035
doi 10.1007/s00027-012-0253-8
doi 10.1017/CBO9781107415324.004
doi 10.1163/15685403-00003482
doi 10.2307/3984219
doi 10.1577/1548-8446-33.8.372
doi 10.1016/S0167-8809(99)00028-6
doi 10.1088/1748-9326/7/1/015506
doi 10.1111/j.1472-4642.2010.00654.x
doi 10.1111/j.1365-2745.2007.01295.x
doi 10.11609/jott.o2996.2806-44
doi 10.4067/s0717-92002014000200007
doi 10.4067/s0717-66432015000200003
doi 10.1002/esp.3738
doi 10.1007/978-0-387-73412-5_7
doi 10.1016/j.tree.2014.11.009
doi 10.1890/10-2210.1
doi 10.4067/s0717-66432015000200003
doi 10.1016/j.brat.2007.10.010
doi 10.1017/cbo9781107323506.009
doi 10.1111/j.1365-2699.2010.02444.x
doi 10.1038/nature11148
doi 10.1016/j.cub.2012.09.036
doi 10.1080/14634988.2011.624970
doi 10.1126/science.aaa1668
doi 10.1007/s13157-011-0180-9
doi 10.1371/journal.pone.0032529
doi 10.1016/j.ecoenv.2010.07.047
doi 10.5822/978-1-61091-021-7_16
doi 10.1007/s10530-015-1025-x
doi 10.1073/pnas.1004875107
doi 10.1002/esp.3738
doi 10.1007/s10530-014-0775-1
doi 10.1111/j.1475-4959.2005.00153.x
doi 10.2166/nh.2014.004
doi 10.1126/science.1185383
doi 10.1371/journal.pone.0116733
doi 10.1111/j.1744-7429.2012.00908.x
doi 10.1016/j.agsy.2013.11.004
doi 10.1098/rspb.2014.1799
doi 10.2139/ssrn.1817233
doi 10.1073/pnas.0804951106
doi 10.1353/lar.2011.0033
doi 10.1038/sdata.2016.7
doi 10.1016/j.landurbplan.2014.05.001
doi 10.1007/s00122-009-1252-6
doi 10.1016/j.jenvman.2008.11.014
doi 10.1094/phyto-99-11-1228
doi 10.1111/cobi.12663
doi 10.1111/ele.12082
doi 10.1016/j.ecolecon.2008.06.014
doi 10.1016/j.ecoser.2014.09.002
doi 10.1038/nature13959
doi 10.1016/j.biocon.2010.08.006
doi 10.1016/j.biocontrol.2007.12.009
doi 10.1371/journal.pbio.0040277
doi 10.1111/rec.12174
doi 10.1016/j.tree.2012.10.012
doi 10.1111/conl.12110
doi 10.1111/gcb.12500
doi 10.1016/j.tree.2011.08.006
doi 10.1038/nature14338
doi 10.1016/j.biocontrol.2011.06.014
doi 10.1111/j.1461-0248.2009.01403.x
doi 10.1038/520020a
doi 10.1007/s10592-016-0834-5
doi 10.5751/ES-06917-200117
doi 10.1016/j.ecoser.2014.05.006
doi 10.1016/S0167-8809(99)00028-6
doi 10.1111/j.1523-1739.2004.00227.x
doi 10.1093/acprof:oso/9780199689347.003.0005
doi 10.1126/science.1111772
doi 10.1111/gcb.13677
doi 10.1126/science.1170261
doi 10.1016/j.biocon.2012.11.018
doi 10.1088/1748-9326/8/2/024030
doi 10.1002/jsfa.6351
doi 10.1111/j.1365-2486.2012.02719.x
doi 10.1073/pnas.1222465110
doi 10.1073/pnas.0405147101
doi 10.1016/j.biocon.2004.03.034
doi 10.1126/science.1231679
doi 10.1111/j.1461-0248.2008.01255.x
doi 10.1073/pnas.1309492111
doi 10.1016/j.cosust.2015.03.007
doi 10.1016/j.ecolind.2014.01.005
doi 10.1038/495305a
doi 10.1126/science.1111772
doi 10.1126/science.1248525
doi 10.1371/journal.pone.0014631
doi 10.1038/461472a
doi 10.1016/j.cosust.2015.03.007
doi 10.1002/aqc.2638
doi 10.5772/20294
doi 10.1371/journal.pone.0123628
doi 10.1641/0006-3568(2005)055[0863:vonpwt]2.0.co;2
doi 10.12952/journal.elementa.000083
doi 10.1371/journal.pone.0074496
doi 10.1111/j.1461-0248.2004.00686.x
doi 10.1002/aqc.2386
doi 10.1038/nature10452
doi 10.1175/1520-0442(1999)012<1577:TMDOMA>2.0.CO;2
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doi 10.5670/oceanog.2014.16
doi 10.1016/j.jmarsys.2015.01.010
doi 10.1126/sciadv.1500052
doi 10.1111/j.1365-2486.2010.02229.x
doi 10.1002/ece3.909
doi 10.1016/j.foreco.2008.10.035
doi 10.1111/ddi.12380
doi 10.1016/j.biocon.2008.03.022
doi 10.1007/s10584-005-5352-2
doi 10.1007/s00442-010-1877-9
doi 10.1179/107735202800338650
doi 10.1093/biosci/biu195
doi 10.1038/nature13959
doi 10.1111/j.1523-1739.2005.00250.x
doi 10.1111/j.1442-9993.2008.01887.x
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doi 10.1093/oxrep/grs011
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doi 10.1111/cobi.12099
doi 10.1126/science.1149345
doi 10.1016/j.eneco.2015.02.003
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doi 10.1038/sdata.2016.7
doi 10.1038/nclimate1633
doi 10.1007/s10113-012-0329-y
doi 10.1577/1548-8446-35.7.321
doi 10.1038/ncomms12485
doi 10.1641/0006-3568(2001)051[0807:MFOOTW]2.0.CO;2
doi 10.1126/science.1172460
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doi 10.1590/s0102-77862014000100002
doi 10.1016/j.dsr2.2013.01.002
doi 10.1890/04-0268
doi 10.1016/j.envsci.2014.02.009
doi 10.1175/BAMS-D-12-00066.1
doi 10.1111/j.1744-7429.2012.00908.x
doi 10.1525/cond.2010.100020
doi 10.1007/s10113-015-0854-6
doi 10.1234/2013/999990.
doi 10.1371/journal.pbio.0040379
doi 10.1111/j.1365-2664.2005.01019.x
doi 10.1146/annurev.marine.010908.163834
doi 10.4067/s0716-078x2005000100010
doi 10.5751/ES-05873-180226
doi 10.2139/ssrn.1817233
doi 10.1017/s0954102009990198
doi 10.1016/j.jnc.2014.03.007
doi 10.1111/cobi.12549
doi 10.1021/es062349d
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doi 10.1111/j.1365-2699.2007.01799.x
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doi 10.1111/j.1744-7429.2012.00908.x
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doi 10.1088/1748-9326/6/4/045509
doi 10.1525/bio.2011.61.6.10
doi 10.1088/1748-9326/11/1/014013
doi 10.1088/1748-9326/6/4/045509
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doi 10.1111/j.1466-8238.2010.00540.x
doi 10.1111/j.1466-8238.2011.00664.x
doi 10.1016/j.rse.2012.08.013
doi 10.1111/j.1523-1739.2006.00351.x
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doi 10.1590/s0100-84042011000300016
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doi 10.1890/ES15-00085.1
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doi 10.1038/nclimate1346
doi 10.1038/461472a
doi 10.1007/s11069-017-2855-x
doi 10.1016/j.envres.2012.12.011
doi 10.1016/j.ecolecon.2005.03.025
doi 10.1111/j.1365-2664.2010.01838.x
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doi 10.1016/j.foreco.2008.10.035
doi 10.1038/nature04389
doi 10.1126/sciadv.1500052
doi 10.1016/j.foreco.2010.08.027
doi 10.1098/rstb.2012.0288
doi 10.1073/pnas.1216006110
doi 10.1371/journal.pone.0005461
doi 10.1890/140270
doi 10.1093/biosci/biv118
doi 10.3763/ijas.2010.0534
doi 10.1890/080126
doi 10.1016/j.biocon.2009.02.021
doi 10.1016/j.ocecoaman.2010.10.010
doi 10.1126/science.aao3895
doi 10.1257/aer.101.3.318
doi 10.1016/j.landusepol.2013.09.012
doi 10.1073/pnas.0904942106
doi 10.1016/j.gloenvcha.2012.06.001
doi 10.1525/bio.2010.60.8.4
doi 10.1038/nclimate1533
doi 10.1146/annurev-environ-101813-013230
doi 10.1126/science.aai9226
doi 10.1126/science.1111772
doi 10.1016/j.cosust.2015.03.007
doi 10.1890/090020
doi 10.1111/conl.12180
doi 10.1111/j.1523-1739.2011.01729.x
doi 10.1016/S0304-3770(98)00117-X
doi 10.1146/annurev.economics.050708.143235
doi 10.1007/s12237-012-9521-z
doi 10.1126/science.1248525
doi 10.1016/j.jenvman.2011.03.035
doi 10.1126/science.1217255
doi 10.1080/21513732.2014.997292
doi 10.1126/science.1067728
doi 10.1093/biosci/biu146
doi 10.1016/j.tree.2014.09.004
doi 10.1371/journal.pone.0119881
doi 10.1016/j.cosust.2016.12.006
doi 10.1007/s10021-012-9519-1
doi 10.1126/science.1210026
doi 10.1068/a42302
doi 10.1111/j.1749-6632.2009.05162.x
doi 10.1126/science.1146324
doi 10.1371/journal.pbio.0040105
doi 10.1890/11-0306.1
doi 10.3390/su70912807
doi 10.1007/s10750-008-9609-4
doi 10.1038/461472a
doi 10.1016/j.ecolecon.2008.09.014
doi 10.1016/j.techfore.2016.06.009
doi 10.1007/s10584-009-9773-1
doi 10.1016/j.gloenvcha.2014.06.007
doi 10.1007/s11625-015-0352-2
doi 10.1111/cobi.12221
doi 10.1641/0006-3568(2006)56[987:agcfse]2.0.co;2
doi 10.1038/495305a
doi 10.1016/j.ecoser.2017.05.004
doi 10.1088/1748-9326/7/1/014039
doi 10.1080/19439340903114628
doi 10.5751/ES-05873-180226
doi 10.1038/ncomms12558
doi 10.1016/j.biocon.2013.07.039
doi 10.1126/science.aaa0181
doi 10.1088/1748-9326/6/1/014009
doi 10.1007/s10113-015-0898-7
doi 10.1126/science.aac7082
doi 10.1111/cobi.12318
doi 10.1016/j.envres.2015.10.010
doi 10.1002/ev.297
doi 10.1016/j.jdeveco.2011.06.003
doi 10.1016/j.coastaleng.2013.11.005
doi 10.1111/j.1755-263X.2011.00220.x
doi 10.1371/journal.pone.0014631
doi 10.1016/S1352-2310(03)00007-4
doi 10.1038/495305a
doi 10.1017/S0376892902000127
doi 10.1073/pnas.1406485112
doi 10.1002/eet.585
doi 10.1002/hyp.5555
doi 10.1016/j.ecolecon.2007.12.014
doi 10.1111/ajps.12116
doi 10.1111/gcb.12218
doi Artn 1
doi 10.1007/s13280-011-0185-x
doi 10.1016/j.envsci.2010.01.002
doi 10.1641/B570707
Show the code 
rm(data)

DOIs in Open Alex

To validate the existence and validity of the DOIs, we check if the DOIs are in the OpenAlex database.

Of the 3256 unique DOIs in the library, 490 (15.04914%) are in not in OpenAlex.

Show the code 
data.frame(
    Type = "doi",
    Identifier = sprintf('<a href="https://doi.org/%s" target="_blank">%s</a>', metrics$dois_not_in_oa, metrics$dois_not_in_oa)
) |>
    IPBES.R::table_dt(caption = "dois_not_in_oa")

Of these -2666 are not valid. These are:

Show the code 
data.frame(
    Type = "doi",
    Identifier = sprintf('<a href="https://doi.org/%s" target="_blank">%s</a>', metrics$dois_not_in_oa[!(metrics$dois_not_in_oa %in% metrics$dois_valid)], metrics$dois_not_in_oa[!(metrics$dois_not_in_oa %in% metrics$dois_valid)])
) |>
    knitr::kable(
        caption = "Non Valid DOIs in the Bibliography",
        escape = FALSE
    )
Non Valid DOIs in the Bibliography
Type Identifier
doi 10.1641/0006-3568(2005)055[0399:TDIUC]2.0.CO;2
doi 10.2980/1195-6860(2007)14[482:HIOEEI]2.0.CO;2
doi En161-3/1-2011E-PDF. EPA 950-R-13-00
doi 10.1603/0013-8746(2000)093[0825:EOUAAR]2.0.CO;2
doi 10.1890/1051-0761(1997)007[0218:EORDOS]2.0.CO;2
doi 10.1038/nclimate2563://www.nature.com/nclimate/journal/v5/n5/abs/nclimate2563.html#supplementary-information
doi 10.1890/1051-0761(2001)011[0914:PFIOSF]2.0.CO;2
doi 10.1038/nature14967 http://www.nature.com/nature/journal/v525/n7568/abs/nature14967.html#supplementary-information
doi 10.1672/0277-5212(2005)025[0854:bbcem]2.0.co;2
doi 10.1641/0006-3568(2005)055[0863:vonpwt]2.0.co;2
doi 10.1641/0006-3568(2000)050[0783:aorecb]2.0.co;2
doi 10.1672/0277-5212(2003)023[0541:IWAWQ]2.0.CO;2
doi 10.1890/1540-9295(2006)004[0087:ECESAA]2.0.CO;2
doi 10.1890/0012-9658(2001)082[0018:DPABNT]2.0.CO;2
doi DOI: 10.1016/j.marpol.2008.05.002
doi 10.1579/0044-7447(2008)37[241:TVOCWF]2.0.CO;2
doi 10.3138/carto.42.4.297
doi 10.1650/0010-5422(2006)108[778:cceonm]2.0.co;2
doi DOI: 10.2307/40168278
doi 10.1659/0276-4741(2000)020[0052:clcith]2.0.co;2
doi 10.1890/0012-9658(1998)079[1526:TROTPB]2.0.CO;2
doi Artn 214304/1.4881176
doi Res. Pap. PSW-RP-266
doi 10.1038/nclimate3061 http://www.nature.com/nclimate/journal/vaop/ncurrent/abs/nclimate3061.html#supplementary-information
doi 10.1675/1524-4695(2002)025[0358:poadah]2.0.co;2
doi 10.1890/1540-9295(2003)001[0315:DBTRUR]2.0.CO;2
doi 10.1890/1051-0761(2001)011[1287:CISFFI]2.0.CO;2
doi 10.1641/0006-3568(2000)050[0807:reohao]2.0.co;2
doi 10.1672/0277-5212(2005)025[0980:cemots]2.0.co;2
doi 10.1641/0006-3568(2005)055[0017:wbpchc]2.0.co;2
doi 10.1175/1525-7541(2002)003<0660:EOFDFC>2.0.CO;2
doi 10.1175/1520-0442(1999)012<1577:TMDOMA>2.0.CO;2
doi 10.1659/0276-4741(2000)020[0332:tecica]2.0.co;2
doi 10.2192/1537-6176(2005)016[0222:DPHAFT]2.0.CO;2
doi FS-1035
doi 10.1579/0044-7447(2006)35[198:braatm]2.0.co;2
doi Yes
doi 10.1641/0006-3568(2001)051[0103:HAAPOI]2.0.CO;2
doi 10.1577/1548-8446(1993)018<0006:csofmo>2.0.co;2
doi 10.1641/0006-3568(2001)051[0807:MFOOTW]2.0.CO;2
doi 10.1890/1540-9295(2004)002[0235:POEIPD]2.0.CO;2
doi 10.1890/0012-9658(2006)87[2479:GBPOBM]2.0.CO;2
doi 10.1659/0276-4741(2002)022[0159:ioppos]2.0.co;2
doi 10.1641/0006-3568(2002)052[0883:UBAC]2.0.CO;2
doi 10.1016/j.cosust.2014.11.002
doi 10.5751/
doi 10.1658/1100-9233(2004)015[0295:TPTTDE]2.0.CO;2
doi 10.1890/0012-9658(2006)87[1465:ATTFHF]2.0.CO;2
doi Artn 1
doi 10.1641/0006-3568(2006)56[987:agcfse]2.0.co;2
doi 10.1641/0006-3568(2005)055[1041:ooiw]2.0.co;2
doi 10.2193/0022-541X(2005)069<0001:NAGBAU>2.0.CO;2
doi 10.1641/0006-3568(2005)055[0256:cietio]2.0.co;2
doi 10.1890/1051-0761(1997)007[0737:HAOTGN]2.0.CO;2
doi 10.1890/1051-0761(1999)009[0732:DACDIV]2.0.CO;2
doi 10.1890/1051-0761(2000)010[0626:HMSBCI]2.0.CO;2
doi 10.1890/1540-9295(2005)003[0479:LOFSCF]2.0.CO;2
doi 10.1175/1520-0442(1999)012<2515:LTTIEP>2.0.CO;2
doi 10.1897/1552-8618(1992)11[1691:omrtei]2.0.co;2
doi 10.1890/1540-9295(2003)001[0197:SODECA]2.0.CO;2
doi 10.1890/1051-0761(1998)008[0559:NPOSWW]2.0.CO;2
doi 10.1641/0006-3568(2003)053[0341:TNC]2.0.CO;2
doi online
doi 10.1890/1051-0761(2006)016[1338:hipiai]2.0.co;2
doi 10.1890/0012-9623(2005)86[249b:IIE]2.0.CO;2
doi 10.1641/0006-3568(2002)052[0129:bsipgo]2.0.co;2
doi 10.1641/0006-3568(2000)050[0053:eaecon]2.3.co;2
doi 10.1579/0044-7447(2007)36[33:ROMF]2.0.CO;2
doi 10.1897/1551-5028(1998)017<0146:EOMOWA>2.3.CO;2
doi 10.1890/1540-9295(2004)002[0427:NIEAAO]2.0.CO;2
doi 10.1577/1548-8659(2002)131<0865:faaeva>2.0.co;2
doi 10.1641/0006-3568(2005)055[0115:asoior]2.0.co;2
doi 10.1175/1520-0442(2003)016<3535:IGLSDT>2.0.CO;2
doi 10.1175/1520-0442(1998)011<1105:SATVIT>2.0.CO;2
doi 10.1890/1051-0761(1999)009[0045:HGASQA]2.0.CO;2
doi 10.1006
doi 10.1658/1100-9233(2006)17[693:coiobt]2.0.co;2
doi 10.1175/1520-0442(2004)017<2261:COTLJE>2.0.CO;2
doi 10.1890/1540-9295(2006)004[0238:EVOTPC]2.0.CO;2
doi ISBN: 978-92-1-132757-1
doi http://www.publish.csiro.au/view/journals/dsp_journals_pip_abstract_Schol ar1.cfm?nid=126&pip=MF14173 Journal
doi 8
doi 10.1175/1520-0442(2000)013<2002:SDAAEI>2.0.CO;2
doi 10.1073 pnas.142033699
doi 10.1641/0006-3568(2001)051[0709:TSFTTS]2.0.CO;2
doi 10.1672/0277-5212(2006)26[889:TCBONA]2.0.CO;2
doi 10.1579/0044-7447(2008)37[241:tvocwf]2.0.co;2
doi 10.1641/0006-3568(2003)053[0573:TIOFDO]2.0.CO;2
doi 10.1659/0276-4741(2003)023[0197:vubaca]2.0.co;2
doi 10.1890/1540-9295(2007)5[25:ARFDAL]2.0.CO;2
doi 10.1890/1051-0761(1999)009[0772:EVOFES]2.0.CO;2
doi 1215
doi 10.1641/0006-3568(2005)055[0311:TICITE]2.0.CO;2
doi 3
doi 74/1/3 [pii]
doi 10.1663/0013-0001(2006)60[374:ctoeki]2.0.co;2
doi 10.1657/1523-0430(06-099)[borner]2.0.co;2
doi 10.1641/0006-3568(2001)051[0373:rnlttg]2.0.co;2
doi 10.1890/1540-9295(2003)001[0255:PFRMCI]2.0.CO;2
doi 10.1890/1540-9295(2003)001[0065:waysri]2.0.co;2

TODO Finally we check, if these dois exist but are not ingested into OpanAlex. This is done using the doi.org resolver This is disabled at the moment.

Show the code 
to_check <- bibliography$dois[!(bibliography$dois %in% dois_works)]

dois_valid <- IPBES.R::doi_valid(bibliography$dois)
dois_openalex <- bibliography$dois %in% dois_works
names(dois_openalex) <- bibliography$dois

dois_exist <- IPBES.R::doi_exists(to_check, cache_file = file.path(".", "cache", "doi_exist.rds"))
dois_not_retracted <- IPBES.R::doi_not_retracted(bibliography$dois, cache_file = file.path(".", "cache", "doi_not_retracted.rds"))

sprintf(
    fmt = paste(
        "Number of references: \t\t %d",
        "Number of DOIs: \t\t %d",
        "Number of Duplicate DOIs: \t %d",
        "Number of DOIs in OpenAlex: \t %d ( %f %)",
        "Number of Existing DOIs: \t %d",
        "Number of Retracted DOIs: \t %d",
        "Percentage of Duplicate DOIs: \t %f",
        sep = "\n"
    ),
    nrow(bibliography),
    sum(!is.na(bibliography$dois)),
    length(bibliography$dois) - length(unique((bibliography$dois))),
    sum(dois_openalex), 100 * sum(dois_openalex) / nrow(bibliography),
    sum(dois_exist),
    sum(!dois_not_retracted),
    ((dois_valid |> unique() |> length()) / length(dois_valid)) |> round(digits = 3) * 100
) |> cat()
Show the code 
oldopts <- options(knitr.kable.NA = "")
data.frame(
    metrics = c(
        "# References",
        "**DOI**",
        "# DOIs",
        "# Duplicate DOIs",
        "# Existing DOIs",
        "# Retracted DOIs",
        "% Duplicate DOIs",
        "**ISBN**",
        "# ISBNs",
        "# Duplicate ISBNs",
        "**ISSN**",
        "# ISSNs",
        "# Duplicate ISSNs"
    ),
    Value = c(
        nrow(bibliography),
        NA,
        sum(!is.na(bibliography$dois)),
        length(bibliography$dois) - length(unique((bibliography$dois))),
        sum(dois_exist),
        sum(!dois_not_retracted),
        ((dois_valid |> unique() |> length()) / length(dois_valid)) |> round(digits = 3) * 100,
        NA,
        sum(!is.na(bibliography$isbns)),
        length(bibliography$isbns) - length(unique((bibliography$isbns))),
        NA,
        sum(!is.na(bibliography$issns)),
        length(bibliography$issns) - length(unique((bibliography$issns)))
    )
) |>
    knitr::kable(
        caption = "Cleanliness of the Bibliography",
    )
options(oldopts)

Contentual and Bibliographic analysis

Publication types

Show the code 
bibliography$bibliography |>
    dplyr::group_by(
        Item.Type
    ) |>
    dplyr::summarize(
        count = n()
    ) |>
    dplyr::arrange(
        desc(count)
    ) |>
    knitr::kable()
Item.Type count
journalArticle 4516
book 796
bookSection 352
report 279
conferencePaper 28
manuscript 25
thesis 14

Year of Publication

Show the code 
params$figure_pub_year
NULL

Access Status of References

This is checked by using the OpenAlex retrieved works. Therefore it is li=mited to the works that are on OpenAlex. At the moment, only references with a DOI were retrieved from OpenAlex.

Show the code 
params$figure_oa_status
NULL

50 Most often cited Journals

Show the code 
params$figure_top_journals
NULL

This table contains all Journals as specified in the Zotero database.

Show the code 
params$figure_top_journals_data |>
    IPBES.R::table_dt("cited_journals")

TODO Coutries of Institutes of all authors

This plot only contains the countries with more than 10 references.

Show the code 
#|
#| fig-height: 10
#| fig-width: 10

params$figure_top_countries

This table contains all countries and the number of authorship.

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params$figure_top_country_data |>
    IPBES.R::table_dt("top_countries")